预防复发：除了经ＨＡＡＲＴ治疗后免疫系统功能恢复者，患者在完成治疗隐球菌病的初始疗程后，要给以长期的抑制治疗。在预防复发方面，氟康唑是理想的药品，效力优于伊曲康唑。
终止二级预防：当患者成功的结束了治疗隐球菌病的初始疗程后，对于临床上既无症状又无体征，经ＨＡＡＲＴ治疗后ＣＤ４＋＞１００～２００／μｌ持续≥６个月的成年及青少年患者，隐球菌病的复发危险不大。但目前研究的病例数还较少。根据这些观察以及更广泛的有关终止晚期ＨＩＶ患者其他机会性感染的二级预防的安全性方面的资料，尽管有复发的可能，但终止这些病人的长期抑制治疗是合理的。有的专家建议给患者作一次腰穿以确定脑脊液培养阴性后，再行停药；另一些专家认为没有此种必要。
再启用二级预防：当ＣＤ４＋减少到１００－２００／μｌ时，需重新启动二级预防。
特殊情况：
儿童：这方面尚缺少研究资料，但有一次隐球菌病发作之后，应当采用氟康唑进行终生抑制治疗。
妊娠妇女：妊娠期不要用氟康唑及伊曲康唑进行预防性治疗，因为隐球菌病发病率较低，对非妊娠的成年妇女并无针对隐球菌病的一级预防建议，且这些药物有致畸胎的可能。如患者在接受一级预防的同时受孕，并有意保存胎儿，必须停止一级预防。对于接受隐球菌病二级预防的ＨＩＶ感染的妊娠妇女，选择药物时，应考虑子宫内胎儿长时间暴露于氟康唑会导致头面部及骨骼畸形。假使ＣＤ４＋细胞维持在＞１００～２００／μｌ，符合上面提到的停用二级预防标准时，应及时停用。对还需要二级预防的患者，可采用两性霉素Ｂ，该药亦可用于孕期前三个月。所有因治疗隐球菌病而接受吡咯类药物治疗的ＨＩＶ感染妇女，应采用有效的节育措施。
组织胞浆菌病
预防暴露：尽管在组织胞浆菌病流行区居住或拜访的ＨＩＶ感染者不可能完全避免暴露于荚膜组织胞浆菌，ＣＤ４＋＜２００／μｌ的患者应当避免下述容易引起暴露危险的行为：易产生尘土的接触土表的工作，清理满布粪便的鸡舍，在鸟栖息处之下扬起灰尘，清理、改装或拆毁旧居以及探查岩洞等。
预防疾病：在组织胞浆菌病流行区，不必进行常规组织胞浆菌素的皮试及抗原抗体的血清测试，因均无助于疾病的预测。前瞻性随机对照实验结果说明：伊曲康唑可以降低生活在流行地区的后期ＨＩＶ感染者的组织胞浆菌病的发病率，但存活率未见降低。ＣＤ４＋＜１００／μｌ、由于职业原因而处于高危环境或所在社区是高发流行区（≥１０例／１００病人年）的ＨＩＶ感染者，应采用伊曲康唑进行预防。
预防复发：此类病人在完成首次治疗后，应采用伊曲康唑２００ ｍｇ每日两次进行终身抑制治疗。
终止二级预防：当接受二级预防的患者经ＨＡＡＲＴ后ＣＤ４＋细胞增加至＞１００／μｌ，全身性真菌症的复发危险低，但因研究的病人数目有限，不能据此建议停用二级预防。
特殊情况：
儿童：因为儿童原发性组织胞浆菌病容易引起播散型感染，所以在急性发作后应当继以终身抑制治疗。
妊娠妇女：因为动物实验证实，伊曲康唑具有胚胎毒性及致畸性，所以对妊娠妇女不应针对组织胞浆菌病采用一级预防。需要对ＨＩＶ孕妇实施二级预防时，还应考虑到子宫内胎儿长时间暴露于氟康唑会导致头面部及骨骼畸形。对于这些患者应选用两性霉素Ｂ，主要在妊娠头３个月使用。对于经ＨＡＡＲＴ后ＣＤ４＋保持＞１００／μｌ的患者，尤其在孕期头三个月，应考虑停用吡咯类药物预防。所有因治疗组织胞浆菌病接受吡咯类药物治疗的ＨＩＶ感染妇女，应采用有效的节育措施。
球孢子菌病
预防暴露：尽管在球孢子菌病流行区居住或拜访的ＨＩＶ感染者不可能完全避免暴露于球孢子菌，但应尽力避免增加暴露危险的活动，例如在盖房挖坑的工地上或沙尘暴中，过分地暴露于扬起的灰土。
预防疾病：在球孢子菌流行区不必常规做球孢子菌素皮试，因其无助于疾病的预测。流行区内，血清试验阳性者的活动性传染危险增高，但常规血清测定没有必要实施。不建议对居住在球孢子菌流行区的ＨＩＶ感染者进行一级预防。 预防复发：患者进行球孢子菌病的首次治疗后，应给以终生的抑制治疗，用药方案为：日服氟康唑４００ ｍｇ或伊曲康唑２００ ｍｇ每日两次。如合并有脑膜病变时，应请专科医师会诊。
终止二级预防：当接受二级预防的患者经ＨＡＡＲＴ后ＣＤ４＋增加至＞１００／μｌ，全身性真菌病的复发危险低，但因研究的病人数目有限，尚不能据此建议停用二级预防。
特殊情况：
儿童：尚无关于ＨＩＶ感染儿童的球孢子菌病的专门资料。可以考虑在一次急性球孢子菌病发作后，采用终生的抑制治疗。
妊娠妇女：ＨＩＶ感染妇女，在接受针对球孢子菌病长期维持治疗的同时如发现妊娠，在选择药物治疗时，应当考虑氟康唑及伊曲康唑致畸胎的可能性。对于这些病人应选用两性霉素Ｂ，尤其是在妊娠头三个月中。对于经ＨＡＡＲＴ后ＣＤ４＋细胞计数保持＞１００／μｌ的患者，尤其在孕期头三月，应考虑停用吡咯类药物预防。所有因治疗球孢子菌病而接受吡咯类药物治疗的ＨＩＶ感染妇女，都应采用有效的节育措施。
巨细胞病毒病（CMV）
预防暴露：对属于ＣＭＶ血清阳性发生率低的ＨＩＶ感染的人群，应测试其ＣＭＶ抗体。这部分人群包括那些未接触过同性恋男性或未使用共同注射毒品的ＨＩＶ感染者。必须告知ＨＩＶ感染的成年及青少年：ＣＭＶ可以存在于精液、宫颈分泌物和唾液中；性接触时必须使用乳胶安全套，以降低暴露于ＣＭＶ及其他性传播的病原体的危险。
应告知身为父母或在儿童托管机构照管儿童的ＨＩＶ感染的成年或青少年，他们感染ＣＭＶ的危险更高。同样，ＨＩＶ感染的儿童的父母及照看者也应知道，他们的孩子在这些场所感染ＣＭＶ的危险更高。最佳的卫生措施（如洗手）可降低ＣＭＶ感染的危险。
血清ＣＭＶ阴性的ＨＩ