新的研究结果提示，不应过分强调高效抗逆转录病毒治疗(HAART)在降低HIV感染的发病率和病死率方面的价值。在过去几年中，HAART推广应用的经验证实抗逆转录病毒治疗的长期并发症；其中有些并发症非常严重，需要间断治疗或改变治疗方案，从而使治疗难以继续坚持下去。

    病人接受多种药物治疗方案可导致难以区分不同的药物作用，且HIV感染所带来的多种混淆因素亦使这些现象更为复杂化。现行研究旨在尽可能地了解这些并发症的性质和特征；正确认识其发生的机制，对不同种类的制剂或产生不同副作用的特异
药物加以鉴别，并制订有效的处理策略。

    核苷逆转录酶抑制剂(NRTI)可被用来治疗HIV感染后所产生的主要长期并发症，如高乳酸血症和乳酸中毒症/肝脂肪变性和其他肝毒性、胰腺炎、脂肪代谢障碍/脂肪营养不良、神经病、血液毒性等。在这些并发症中，除血液毒性外，几乎都涉及到线粒体毒性的共有病原学。