腔内超声是指特制的超声探头置入人体某些腔内进行检查，它可以使被检器官显示更为清晰。人体可进行腔内超声的部位有食管、直肠、阴道。有人认为在手术中将超声探头直接置于脏器表面探测也属腔内超声，也称为术中超声。

食管的腔内超声是将探头从口腔进入食管探测，常用于对食管、纵隔的病变，以及胃贲门部病变的检查。直肠腔内超声将探头从肛门进入直肠探测，多用于检查直肠本身的病变和前列腺及盆腔底部的病变，在男性应用较多。阴道腔内超声是将探头插入阴道内进行探测，用于检查阴道本身、子宫颈、子宫体、卵巢及盆腔底部的病变。目前直肠和阴道的腔内超声已广泛应用，食管腔内超声检查应用较少。